ინსტიტუტი შეიქმნა 1997 წელს ბერძნული და რომაული ფილოლოგიის სფეროში თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტში უკვე არსებული სასწავლო და სამეცნიერო ქვედანაყოფების გაერთიანების საფუძველზე თსუ დიდი სამეცნიერო საბჭოს გადაწყვეტილებითა და რექტორის შესაბამისი ბრძანებით. ინსიტუტის ორგანიზაციისა და მუშაობის საქმეში უნივერსიტეტს დახმარება გაუწიეს საბერძნეთის საელჩომ საქართველოში, საბერძნეთის კულტურის, განათლებისა და რელიგიის სამინისტროებმა, ბერძნული კულტურის ფონდმა, ა. ონასისის ფონდმა, ი. ფ. კოსტოპულოსის ფონდმა. ინსტიტუტს სასწავლო და სამეცნიერო პროგრამების რეალიზაციაში აქტიურ დახმარებას უწევს საბერძნეთის საგარეო საქმეთა სამინისტრო, უცხოეთში მცხოვრებ ბერძენთა გენერალური სამდივნო, რეპატრირებულ ბერძენთა მიღებისა და განთავსების ნაციონალური ფონდი, კოსტის და ელენე ურანისების სახელობის ფონდი. ინსტიტუტი შეტანილია თსუ ჰუმანიტარული ფაკულტეტის ინსტიტუტების 2007 წელს დამტკიცებულ ნუსხაში. ინსტიტუტს ხელმძღვანელობს დირექტორატი.
ინსტიტუტის აკადემიური სექტორი წარმოდგენილია სამი მიმართულებით:

კლასიკური ფილოლოგია

კლასიკური ფილოლოგიის კათედრა უნივერსიტეტის დაფუძნებისთანავე (1918 წ.) გაიხსნა. მას წლების განმავლობაში ხელმძღვანელობდნენ ცნობილი ქართველი მეცნიერები გრიგოლ წერეთელი და სიმონ ყაუხჩიშვილი.

მიმართულების აკადემიური შემადგენლობა წარმართავს კლასიკური ფილოლოგიის სპეციალობით სტუდენტთა მომზადებას სწავლების სამივე საფეხურზე.

ბიზანტიური ფილოლოგია

თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტში  ბიზანტიური ფილოლოფიის მიმართულება  სთავაზობს სტუდენტს ბიზანტიური კულტურის სხვადასხვა კუთხით შესწავლას: სტუდენტი დაეუფლება ძველ და შუა საუკუნეების ბერძნულ და ლათინურ ენებს, შეისწავლის ბიზანტიურ ლიტერატურას, ღვთისმეტყელებას, ისტორიას, ეკლესიის ისტორიას, ხელოვნებას,  ბიზანტიურ-ქართულ მრავალმხრივ ისტორიულ და კულტურულ ურთიერთობებს, გაიაზრებს ქართულ კულტურას ბიზანტიური ცივილიზაციის კონტექსტში.

ახალი ბერძნული ფილოლოგია

ახალი ბერძნული ფილოლოგიის კათედრა შეიქმნა 2003 წელს. მიმართულების აკადემიური შემადგენლობა წარმართავს ახალი ბერძნული ფილოლოგიის სპეციალობით სტუდენტთა მომზადებას სწავლების სამსავე საფეხურზე.

საქართველოს ნეოგრეცისტთა ასოციაცია

ინსტიტუტთან არსებული რეგისტრირებული კავშირი – საქართველოს ნეოგრეცისტთა ასოციაცია წარმოადგენს იურიდიულ პირს საქართველოს კანონმდებლობის საფუძველზე. მისი საქმიანობის მიზანია ახალი ბერძული ენის, ლიტერატურის, ისტორიისა და საზოგადოდ ახალი ბერძნული კულტურის კვლევა და სწავლების ხელშეწყობა.

ხმელთაშუა ზღვის კულტურების კვლევის ლაბორატორია

ლაბორატორია შეიქმნა 1982 წელს. მიზნად ისახავს ხმელთაშუა ზღვის ხალხთა კულტურების კვლევას. ამჟამად ახორციელებს პროექტს Caucasus Antiquus.

ბიბლიოთეკა

სიმონ ყაუხჩიშვილის სახელობის ბიბლიოთეკა დაარსდა 1995 წელს. შეიცავს 30000-მდე წიგნს კლასიკური ფილოლოგიის, ბიზანტინისტიკის, ნეოგრეცისტიკისა და ქართველოლოგიის პროფილით. ბიბლიოთეკის დაკომპლექტებაში მნიშვნელოვანი წვილი შეიტანა ცნობილ მეცნიერთა (ე. გ. შმიდტი, ა. ბელეცკი, ბ. გიგინეიშვილი, მ. ვიკერსი) პირადი ბიბლიოთეკების წიგნადი ფონდის, სხვადასხვა ქვეყნების (საბერძნეთი, გფრ, კვიპროსი და სხვ.) სამეცნიერო ცენტრების, ფონდების, გამომცემლობების, კერძო პირების შემოწირულობებმა.

საინფორმაციო ცენტრი

ინსტიტუტს კომპიუტერულ და საინფორმაციო მომსახურებას უწევს საინფორმაციო ცენტრი. ცენტრში ინსტიტუტის თანამშრომლებს და სტუდენტებს საშუალება აქვთ იმუშაონ სხვადასხვა სამეცნიერო პროექტის განხორციელებაზე.

საკონფერენციო ცენტრი

300 კაციანი დარბაზი აღჭურვილია სინქრონული თარგმანის, საკონცერტო და თეატრალური წარმოდგენების განსახორციელებლად საჭირო აპარატურით.